Ébauche d'itinéraire pour un premier voyage à 5 au Japon ?

Lors de mon voyage, pour aller à Kawaguchiko, on avait été à l'agence de bus la veille pour réserver un billet et on avait pas vraiment le choix sur les horaires, donc en sortant de l'avion, aller à Shinjuku pour prendre le bus Keio, c'est peut-être un risque de ne pas avoir de place ou de devoir attendre longtemps, le mieux serait de réserver à l'avance. Le bureau Keio se trouve à la sortie ouest de la gare de Shinjuku, en face du magasin Yodobashi Camera, et les départs sont juste devant. Un bus toutes les 30min 1700Y par trajet. Possibilité de réserver le billet 1 mois à l’avance. Le bus est plus rapide que le train et le train n’est couvert qu’à moitié pour aller à
Kawaguchiko.

Les horaires de bus http://highway-buses.jp/fuji/
Google map : https://www.google.fr/maps/place/Keio/@35.6910447,139.6978584,17z/data=…

Pour Miyajima, si vous avez le budget, on ne peut que vous conseillez de passer la nuit sur place (les hôtels sont plus cher sur l'île) mais ça vaut le coup d'avoir l'ile rien que pour soit, sans touriste.
Pour Kanazawa, si vous souhaitez le faire, le mieux serait de le faire entre Hiroshima et Tokyo, pour limiter les aller/retour. Il me semble que c'est à 4-5h de train de Tokyo et à peu près la même chose d'Hiroshima. 3 jours là-bas, c'est sympa, c'est ce que j'ai fait, il y a un très joli jardin et le village de shirakawago à visiter.
Il y a aussi la possibilité de rester un peu plus longtemps sur certains endroit, comme Kyoto, où il y a pas mal d'activité touristique à faire (on te dira certainement que 3 jours pour faire Kyoto c'est court, après tout dépend de ce que vous souhaitez voir)

Je suis d'accord 3 jours à Kyoto c'est juste. Possibilité aussi de passer un jour de plus à Nara pour le Horyu ji.
Perso je suis allé aussi à Shikoku le jardin Ritsurin Koen à Takamatsu est magnifique.