Programme pour 3 semaines au Japon à l'automne ?

Pour le JRpass, le mieux est d'estimer ses trajets avec hyperdia et de voir si le prix du pass est intéressant ou pas. Par contre, il est souvent déconseillé de prendre un pass pour la partie du voyage sur Tokyo. En effet, le JRpass ne servirait que sur la ligne Yamanote, ce qui n'est pas le plus pratique pour se déplacer. Le JRpass peut être utile pour aller à Kamakura, mais je pense qu'un pass 14 jours devrait vous suffire (au pire mettre la sortie kamakura à la fin de la période Tokyo et activer le pass à partir de cette date, mais le prix du trajet vers Kamakura n'est pas excessif)
Le plus souvent, les gens prennent une suica pour le métro à Tokyo et un JRpass pour le reste du voyage.
Une astuce si vous connaissez vos dates d'activations : les bureau JR sont disponible à l'aéroport d'arrivé (à haneda, c'est situé pile à la sortie de la douane) donc quand vous prenez votre Suica, vous pouvez aussi faire activer vos pass à une date choisie, ce qui vous évite de repasser à un bureau JR pour activer le pass.

Kamakura peut se faire en une grosse demi journée, c'est possible de faire kamakura-enoshima dans la même journée (en se pressant un peu, enfin, tout dépende de ce que vous souhaitez voir) Je n'ai pas été à Yokohama, je ne connais pas du tout, mais vu comme ça, ça parait compliqué de le faire en même temps que Kamakura.

Au niveau des visites que l'on peut conseiller, il y en a une excellente conseillé par Kanpai (voir l'article), Kurama, à côté de Kyoto. Il y a une petite rando bien sympa à faire là-bas (si vous aimez ça) Ca prend une demi journée, il y a aussi un onsen, mais je l'ai pas trouvé terrible vu le prix.