Voyage 25 jours au Japon, avis sur itinéraire et conseils ?

Bonjour à tous,
tout d'abord merci pour votre super site que je trouve très bien fait et qui donne énormément envie d'aller visiter le Japon.
Nous sommes un couple d'une trentaine d'années et nous allons voyager 25 jours au Japon du 17 mai au 13 juin. Nous avons déjà pris nos billets d'avion et nous arrivons le 18 mai à Tokyo Haneda en début d'après midi, le retour se fera du même endroit le 13 juin à 10h.
Pour le reste du programme rien n'est encore réservé mais nous avons étudié pas mal la question et si vous pouviez nous donner vos impressions ou si ça vous parait incohérent, vos remarques sont les bienvenues :)

-jeudi 18/05 : arrivée à Tokyo dans l'après midi
-du vendredi 19/05 au lundi 22/05 : 4 jours de visite de Tokyo dont 1 jour pour aller à Kawagushiko pour voir le Mont Fuji et se ballader ( les avis divergent beaucoup mais l'envie d'observer le Fuji nous motive à y aller même si la ville est semble-t-il morte ) avec nuit au même endroit quartier shibuya ? ou ikebukuro ?
-mardi 23/05 : Tokyo> Takayama en passant par Nagoya, visite de Takayama et nuit sur place
-mercredi 24/05 : Takayama > Kanazawa en passant par Shirakawa go avec fin d'après midi et nuit à Kanazawa
-jeudi 25/05 : visite de Kanazawa avec nuit à Kanazawa
-vendredi 26/05 : visite de Kanazawa en journée puis train vers Kyoto dans l'après midi et nuit à Kyoto
-du samedi 27/05 au jeudi 01/06 : visite de Kyoto dont 1 jour à Nara avec un seul logement central sur Kyoto
-vendredi 02/06 : 7ème jour à Kyoto avec transfert sur Osaka dans la journée et nuit à Osaka
-samedi 03 et dimanche 04/06 : visite de Osaka et nuit sur place
-lundi 05/06 : visite de Koyasan et nuit à Osaka ( même logement avec peut être les grosses valises laissées en consigne pour partir les jours suivant en petit sac à dos)
-mardi 06/06 : visite de Himeji puis train pour Hiroshima et nuit sur place
-mercredi 07/06 : visite de Miyajima et retour sur Hiroshima en fin de journée et nuit au même logement
-jeudi 08/06 : train de Hiroshima vers Osaka pour récupérer les bagages si on les laisse en consigne puis vers Tokyo et nuit à Tokyo dans un quartier différent par rapport aux premiers jours
-du vendredi 09/06 au lundi 12/06 : 3 jours de visite de Tokyo dans le même logement
-mardi 13/06 : départ tôt pour l'aéroport de Haneda

Avec différents posts sur les forums et guides de voyage on a regardé sur hyperdia pour les transports en train mais nous ne trouvons pas tout, rien que Tokyo> Kyoto il n'y a que des résultats avec le train nozomi, en décochant nozomi et trains privés ça dit "no route found", si quelqu'un peut nous répondre pourquoi.

Mais globalement en faisant les calculs le JR pass pour 21 jours semble rentable, prendre une carte suica aussi pour Tokyo et Kyoto.
Notre parcours reste un parcours assez classique, est ce qu'avec le temps qu'on a ça vaut la peine de sacrifier des jours à certains endroits pour prendre le temps de visiter des endroits moins touristiques ?

C'est un casse tête pour éviter de faire les visites de Nara, Koyasan, Miyajima, le Kenroku en de Kanazawa ou encore Himeji le week end.
Nous aurions aimé visiter Nikko mais les travaux sur les temples nous refroidissent, est ce que ça vaut le coup quand même ?

Quels sont les quartiers sympa pour loger dans Tokyo ? et dans Kyoto ?
Pour Tokyo nous regardons des air bnb proche de la yamanote et dans Kyoto c'est une bonne question, nous ne savons pas où aller entre le plein centre ville, la gare ou le nord de la ville !!
Niveau budget on compte 3000 euros chacun hors billets d'avion dont environ 80 euros de logement/ jour pour 2 en moyenne.

Merci pour vos réponses !!