La route du Tokaido en Shinkansen ?

Puisque personne n'a répondu je m'y mets, mais ça n'est pas le coin du Japon que je connais le plus, je ne l'ai même jamais visité alors ma réponse est seulement celle d'une personne qui a une image de certaines villes

Entre Kyoto et Tokyo il y a Nagoya dans la préfecture d'Aichi qui est une grande ville plutôt étudiante où il y a plusieurs attractions à visiter, http://www.tripadvisor.fr/Tourism-g298106-Nagoya_Aichi_Prefecture_Chubu…, les deux quartiers principaux sont Osu et Sakae, je pense qu'elle vaut un peu plus qu'un petit passage, un minimum de deux nuits seraient peut-être l'idéal.
Hamatsu je pense qu'elle peut être sympa à visiter, notamment pour ses plages et pour son ambiance assez calme http://www.tripadvisor.fr/Tourism-g303148-Hamamatsu_Shizuoka_Prefecture…
Ensuite Shizuoka qui est la capitale de la préfecture du même nom, http://www.tripadvisor.fr/Tourism-g298124-Shizuoka_Shizuoka_Prefecture_…, normalement tu devrais y avoir une des meilleures vue du Mont Fuji si le ciel n'est pas couvert. En cherchant bien il peut y avoir aussi des activités traditionnelles sympa à faire dans le coin. Shizuoka est d'ailleurs connue pour son thé vert. Si tu aimes les sensations fortes il y a aussi le parc Fuji Q Highland à renommée internationale dans la région.
Puis Atami http://www.tripadvisor.fr/Tourism-g298122-Atami_Shizuoka_Prefecture_Chu…, plus proche de Tokyo mais peut être plus tranquille que les deux villes précédentes.

Ce sont les villes que j'aurais visité si je m'étais lancé dans un tel projet pour une semaine. Après, tu peux aussi aller beaucoup plus lentement et t'arrêter à plus de stations sur deux voire trois semaines.
Ceci-dit, si tu choisis de faire un voyage de plus d'une semaine, pour un peu plus d’authenticité je te conseille de privilégier les lignes locales au Shinkansen :)
Et bien sûr tu n'auras pas à payer pour le Shinkansen avec le JR Pass