Idées itinéraire pour un second voyage au Japon ?

Hello à vous !

Après avoir pas mal lu d'articles et de question/réponses ici, je me permet de venir directement discuter de mon futur voyage avec vous. Notre premier voyage de trois semaine a été réalisé avec un tour operator, qui nous a fait le planning des transports et des hôtels, ça nous a permit de ne pas faire d'erreur d'estimation pour les durées dans certaines villes et on a découvert pas mal de petites choses. Pour notre second voyage, nous aimerions faire notre itinéraire nous mêmes, et avoir plusieurs avis, surtout de personnes impliqués et expérimentés comme vous, et ça c'est très utile.

Pour un rapide résumé, notre premier voyage à été celui-ci
Tokyo - 6 nuit, avec visite de Nikko et Kamakura
Takayama - 1 nuit ryokan
Shirakawa-go - 1 nuit en ryokan
Kanazawa - 1 nuit en
Kyoto - 5 nuits, avec visite de Nara
Hiroshima - journée
Miyajima - 2 nuits en ryokan
Okayama - journée
Osaka - 1 nuit

Pour notre second voyage, d'environ 3 semaines (peut-être 4) courant avril-mail, nous aimerions retourner à certains endroit, et en découvrir des nouveaux, en particulier les îles d'Okinawa. Je partirais sur un planning global qui est le suivant :
Tokyo - une petite semaine
Okinawa - plusieurs jours, en passant par Iriomote-jima ou d'autres îles paradisiaques
Fukuoka - 1 ou 2 jours
Parcourir l'île vers le sud, avec plusieurs destinations possibles comme Hashima, Kyushu, Kagoshima, Beppu - quelques jours ?
Partir vers l'île de Shikoku en passant peut-être part Matsuyama, Koshi, Shikoku, Koboke, puis Takamatsu - quelques jours ?
Et soi, par exemple passer par Koya-san et finir par Kyoto - Kobe - Osaka / Ou plutôt partir vers Tottori, Amanohashidate puis Kyoto - Osaka

Bon ça parait un peu flou, et je ne sais pas si tout rentre dans le timing avec les transports et tout le toutim, mais c'est une première approche. Sinon j'avais aussi lu des destinations comme Ushiku, Matsumoto et Kamikochi, mais ça risque de faire faire trop de détour. Concernant notre profil, nous sommes un jeune couple de parent (mais sans la petite, ouf :D), nous aimons autant profiter du côté geek, bruyant et fou du Japon, que du côté zen, culturel et posé de celui-ci. Nous prenons donc les bonnes adresses de resto, bar, salle de jeu, parc, randonnée, temple, monuments, musée, etc.

Voilà, je m'en remet à vos conseils :D. Merci par avance !