Premier voyage au Japon : itinéraire 15 jours ?

C’est plus un Marathon que des vacances votre programme ! Pour le tenir il faudra prevoir un budget Guronsan et Red Bull conséquent!
Meme si on est tenté de « tout » voir faites en un peu moins mais surtout mieux et surtout réduisez un peu la quantité de temples, le Japon c’est bien plus que seulement des temples, c’est des paysages, des ambiances et des atmosphères où en plus de l’encens on aime sentir les effluves de yakitori et teriyaki, voir les gens bouger frénétiquement à Shibuya ou bien de façon zen dans les coins plus résidentiels ...

Bref pour moi la copie est a partiellement à revoir....

C'est intense mais théoriquement tenable. Mais en étant réaliste, y'a probablement une ou 2 visites par jour qui vont sauter si vous profitez de vos journées.

Comme dit plus haut, les déplacements à Kyoto sont chronophages (et parfois compliqués) et les temples ouvrent et ferment tôt (à partir de 7h et jusqu'a 16h-17h). Arashiyama prend entre une demi journée et une journée entière. Je sais pas si c'est possible dans la même journée mais le Lac Biwa à l'air d'être une bonne excursion si vous êtes à la recherche de nature.
Fushimi Inari Taisha prend bien une demi journée aussi si vous faites le chemin en entier (il vaut le coup). Je vous le conseille en fin de journée pour faire la descente de nuit, au moment ou les lanternes sont allumées, le sanctuaire prend vraiment une atmosphère mystique. Donc faîtes le Nijo-jo et le marché le matin, Sanjusangen-do en début d'aprem puis Fushimi.

Pour loger à Osaka, je vous conseille les alentours de Dotonbori car c'est un quartier animé le soir ou Nanba dans le même style. Vers Shinsekai/Dobutsuen-mae, les logements sont vraiment pas cher mais le quartier à la réputation d'être mal famé (pour le Japon, il faut être relatif). Sinon le quartier d'Umeda est agréable aussi mais moins représentatif de l'ambiance si particulière d'Osaka selon moi.

Par contre à Tokyo, le programme est dense et pas très bien équilibré je trouve. Comme dit plus haut, il vaut mieux le faire par quartier. Shibuya/Shinjuku - Harajuku/Meiji-jingu - Ueno/Asakusa - Odaiba/Tokyo tower. Plutôt que de vous focaliser sur des points à visiter, je vous suggère de prendre le temps d'explorer les quartiers en allant d'un point à un autre. Les loisirs et le shopping a Tokyo peuvent prendre également beaucoup beaucoup de temps !

Je te réponds pour la partie Tokyo uniquement. Il est possible de faire un tour satisfaisant de Tokyo en 5 jours (y compris en incluant un jour à Nikko, même si ce n'est pas la porte à côté) et techniquement ton programme est réalisable à condition d'optimiser un peu les parcours comme écrit plus haut. Par contre c'est très orienté "landmark" et ça manque clairement de saveur. Par exemple visiter Nezu-Jinja sans prévoir deux heures à se perdre dans Yanaka et se poser à la terrasse improvisée d'un vendeur de saké ou dans un restaurant bon marché, quel dommage.
Aussi, un point important au Japon est la saison car cela va influencer l'intérêt des différents lieux et les ambiances que tu vas trouver. Si tu as la chance de faire hanami à Inokashira-park, d'être bloqué(e) dans un matsuri estival, de monter le Mt Takao un samedi ou dimanche d'automne, ou de prendre un bain chaud de plein air sous la neige, ça vaudra toutes les visites de temples du Japon en termes d'expérience (non je déconne, il faut au minimum voir le Todai-ji de Nara).
Enfin essaie d'utiliser au mieux certaines périodes de la semaine. Par exemple ton vendredi soir ; c'est le moment où il faut être impérativement au Kabuki-cho ou à Ueno pour assister - voire participer - au spectacle désolant et sublime des beuveries sociales imposées par les entreprises (19-22h). Le spot du samedi après-midi est Harajuku ; celui du samedi soir est Shibuya. Le dimanche est très bien pour Asakusa ou Yanaka.
"Tokyo Building" est un immeuble d'affaires sans grand intérêt situé près de la gare de Tokyo ; je pense que tu évoquais plutôt la mairie métropolitaine à Shinjuku. Odaiba, à titre personnel je fuirais sauf à être fan de culture mainstream, par ex. chercher à apercevoir des comiques de Fuji TV.